航空機又は船舶により我が国に到着した外国貨物は、保税地域（輸出しようとする貨物または外国から到着した貨物を置く場所として、財務大臣により指定、または税関長により許可された場所）に搬入されます。
輸入申告は原則として貨物が保税地域に搬入された後に行うことになります。貨物が到着すると航空会社、船会社から輸入者に対して貨物が到着した旨の「到着通知（Arrival Notice）」が発行されますので、輸出者から送られてきた仕入書などと併せて、税関に輸入申告を行います。
また航空会社、船会社へ運送契約に係る費用を支払い、輸出者から送られてきた船荷証券（Bill of Lading）を引き渡す事により入手した荷渡指図書（Delivery Order）と税関が発行した輸入許可書を保税地域の担当者に示すことにより、貨物を保税地域から国内に引き取ることができます。

輸入通関

外国から我が国に到着した貨物（外国貨物）を国内に引き取るには、税関へ輸入（納税）申告を行い、必要とされる税関の審査、検査を受けた後、原則として関税、内国消費税及び地方消費税を納付して、輸入の許可を受けなければなりません。
輸入の許可を受けた貨物は内国貨物となり、いつでも国内に引き取ることが可能となります。この一連の手続が輸入通関手続です。
尚、輸入に際して関税関係法令以外の許可・承認等を要する貨物である場合には、税関の輸入許可を受ける前にこれらの法令を所管する省庁から当該法令に基づく許可・承認等を受けておく必要があります。

貨物を輸出しようとする者は、仕入書等必要な書類を準備して、税関へ輸出申告を行い、必要な審査、検査を経て輸出の許可を受けなければなりません。また船会社に対しては売買契約に沿った仕向地、本船スケジュールを選択してブッキング（本船予約）をする必要があります。
貿易条件がCIFやCIPの場合には、輸出者に保険の付保義務がありますので外航貨物海上保険を付保しなければなりません。
その後、船会社へ船積み費用を支払い、輸出貨物の積載本船が出港した後、船荷証券（Bill of Lading）が発行されますので、輸出者は船荷証券と仕入書等輸出書類一式を準備して海外輸入者へ送付します。

輸出通関

貨物を輸出しようとする者は、税関へ輸出申告を行い、必要な審査、検査を経てその許可を受けなければなりません。
輸出申告は、輸出しようとする貨物を保税地域に搬入する前であっても行うことはできますが、輸出の許可は、原則として輸出しようとする貨物を保税地域に搬入した後に行われます。
輸出申告の手続は、輸出しようとする貨物の品名並びに数量及び価格その他必要な事項を記載した輸出申告書に、仕入書、その他必要な書類（例えば、関税関係法令以外の法令の規定により、輸出をする際に事前に許可、承認等を受ける必要のある貨物については、その許可・承認書等）を添付して税関に提出することにより行います。